- le comité du programme transnational (suivi et programmation)
- l’Autorité de Gestion : le Land de Salzburg
- le Secrétariat Technique Conjoint (STC) : situé à Munich (Allemagne)
- les Autorités nationales : en France, le Préfet de Rhône-Alpes / SGAR est l'Autorité nationale (Référent/interface institutionnel; coordination nationale; responsable de la régularité des opérations)
- les Points de Contact Espace Alpin (PCEA) : un dans chaque Etat partenaire (en France, au SGAR Rhône-Alpes). Accompagnement de l’émergence et de la mise en œuvre des projets, animation et promotion du programme.
Le programme procède par appels à projets, ce qui accroît la sélectivité et la qualité des projets retenus. Trois appels à projets ont déjà eu lieu depuis le lancement du programme en 2007 qui ont permis de sélectionner 35 projets.
Chaque projet dure 3 ans et compte en moyenne entre 10 et 15 partenaires qui se répartissent sur tout l’espace de coopération. Le coût total d’un projet est en moyenne de 2,5 millions d’euros.
Plusieurs structures rhônalpines participent en tant que partenaires ou chef de file à 31 des 35 projets retenus. Par exemple : le Conseil Régional, le Conseil général de l’Isère, le Conseil Général de Savoie, le Syndicat intercommunal du Lac d’Annecy, la Chambre de commerce et d’industrie de Lyon et la Chambre de commerce et d’industrie de la Drôme, Rhônalpénergie Environnement, l’Université Joseph Fourier, l’Université de Savoie, le Cemagref, l’Association des Elus de montagne, le Pôle Grenoblois pour les Risques Naturels, LyonBiopôle …
