La mise en oeuvre du programme s’effectue à travers trois procédures différentes :
Projets de coopération simple
Il s’agit de projets s’inscrivant dans une seule mesure du Programme et présentés par au moins un partenaire français et un partenaire italien. Les partenaires du projet s’engagent réciproquement dans une Convention de coopération entre partenaires, désignent parmi eux un chef de file chargé de coordonner le partenariat et de le représenter auprès des instances du Programme
Projets stratégiques
Il s'agit de projets « publics » de grande envergure avec des impacts sur l'ensemble de la frontière ou une grande partie de celle-ci. Ces projets sont destinés à approfondir les problématiques d'intérêt commun et à valoriser les possibilités de développement de secteurs économiques.
Les promoteurs de ces projets sont les Régions et les Provinces pour l'Italie, l'Etat, les Conseils régionaux et les Conseils généraux pour la France.
Plans intégrés transfrontaliers (PIT) :
Il s’agit de plans constitués d’un ensemble de projets de coopération simples touchant différents domaines et thèmes mais qui ont un objectif commun de développement économique et social d'un territoire spécifique.
