Le programme fonctionne par appel à projets classiques et stratégiques.
A ce jour, le programme a conclu 2 appels à projets classiques en 2009 et 2010 . Un 3ème sera lancé en 2012, portant sur le thème de l'innovation pour les énergies renouvelables et de l'efficacité énergétique dans les régions méditerranéennes.
Par ailleurs le programme a lancé 2 appels à projets stratégiques qui portent sur les thèmes:
- de la sécurité maritime, et de l'efficacité énergétique et des énergies renouvelables
- du soutien à l'utilisation des technologies de l'information pour une meilleure accessibilité et coopération territoriale; et amélioration de l'accessibilité maritime en privilégiant la multimodalité et l'intermodalité.
