Le programme est mis en oeuvre sous la responsabilité de la Région France Comté qui est l'Autorité de Gestion.
Le siège du Secrétariat Technique Conjoint est également situé à la Région Franche Comté.
Le pilotage du programme est assuré par le Comité de Suivi qui regroupe toutes les collectivités publiques partenaires du programme.
